Gli storici sostengono che già nel XII secolo sorgeva una chiesa romanica nello stesso luogo dell'edificio attuale. Era l'epicentro del villaggio, con diverse case che la circondavano. Ma Saint-Jean-de-Luz subì le devastazioni delle guerre successive, con la dominazione inglese, la Guerra dei Cento Anni e le invasioni spagnole. La chiesa fu rasa al suolo, ma alcuni resti sono rimasti intatti (le finestre oscurate, ad esempio).
