Dopo essere rimasto relativamente intatto fino alla metà e alla fine del XVII secolo, il sito del Partenone iniziò a subire gravi danni a causa di un'esplosione di polvere da sparo innescata da un fulmine nel 1645 e della successiva guerra turco-veneta del 1686, nota anche come Guerra di Morea (1684-1699). Il sito subì danni bellici, saccheggi e una generale mancanza di manutenzione. Nel XIX secolo, con l'aumento della popolarità del sito tra i visitatori, fu purtroppo oggetto di saccheggi sistematici, in quanto la gente ne prendeva pezzi come souvenir. In particolare, un certo Thomas Bruce, VII conte di Elgin, e la sua squadra portarono via molti pezzi preziosi del sito, tra cui sculture, blocchi di fregio del Tempio di Atena Nike, una delle Cariatidi dell'Eretteo e molte altre antichità di valore inestimabile che spedirono in Inghilterra. I pezzi sono esposti al British Museum, ma il governo greco ne chiede la restituzione dal 1890, in quanto parte del patrimonio culturale unico della Grecia. Le discussioni sull'argomento sono in corso tra funzionari greci e britannici. Nel 1834, il nuovo Stato greco designò l'Acropoli come sito archeologico ufficiale, dove i ricercatori trovarono molti preziosi manufatti che necessitavano di una casa, e così nacque il Museo dell'Acropoli. Una prima versione è stata inaugurata nel 1874 e ha subito un'espansione radicale dopo la seconda guerra mondiale. Il nuovo Museo dell'Acropoli è stato progettato dagli architetti Bernard Tschumi e Michael Photiades. È stato costruito a soli 300 metri di distanza dall'Acropoli stessa e aperto al pubblico nel 2009.
