La Grotta di Nettuno è costituita da un susseguirsi di corridoi, stanze e laghetti sotterranei, disposti in un percorso quasi circolare che riporta il visitatore al luogo d'attracco delle barche. L'itinerario inizia nella Sala del Lago, così chiamata perché ospita il pittoresco Lago La Marmora in cui si specchiano le imponenti stalattiti, dall'apparenza lucida poiché ancora illuminate dalla luce esterna. Al centro del lago emerge una particolare stalagmite che, a causa dello stillicidio continuo, presenta delle conchette in cui si raccoglie acqua dolce, motivo per cui è soprannominata "l'Acquasantiera". Dopo una breve discesa si arriva nella Sala della Reggia, ornata di colossali colonne alte nove metri che sembrano sorreggere la volta e si specchiano nelle acque del lago sottostante. In alcuni punti di questa sala, il soffitto si eleva fino a 18 metri, rappresentando il punto più alto di tutta la parte turistica. Qui, il lago La Marmora termina con una spiaggetta sabbiosa chiamata la Spiaggia dei Ciottolini, che costituiva il punto di sbarco dei turisti nel passato e che era diventata l'habitat perfetto per la foca monaca, oggi non più presente in questi luoghi a causa della caccia.
Dopo la Reggia, si può accedere ad una delle sale più famose della grotta, la Sala Smith, dal nome del capitano inglese che l'ha scoperta. La sua notorietà è dovuta all'incanto che provoca nei visitatori la vista del "Grande Organo", la più grande colonna della grotta le cui formazioni rocciose assomigliano alle canne di un maestoso organo. Proseguendo il cammino oltre la Cupola, formata da stalagmiti perfettamente lisce che ricordano la cupola di una cattedrale, si giunge nella meravigliosa Sala delle Trine e Merletti, in cui Madre Natura ha scolpito la roccia nel corso dei millenni rifinendola a forma di merletti, frange, intagli e rilievi e facendo guadagnare alla grotta il soprannome di "grotta ricamata". La visita si conclude nella Tribuna della Musica, una balconata che offre una superba vista panoramica della grotta dall'alto, dov'era solita suonare un'orchestra durante le occasioni importanti, mentre i danzatori ballavano sulla spiaggia sottostante.