Il sito è stato occupato ininterrottamente fin dalla nascita della città. Già nel tardo Neolitico (intorno al 3000 a.C.), il sito veniva utilizzato come spazio residenziale e di sepoltura. Il sito divenne un luogo pubblico già nel VI secolo a.C. Con una composizione culturale e politica in continua evoluzione, l'Agorà assunse molte forme diverse prima di raggiungere quella che conosciamo nel II secolo a.C. Varie attività edilizie furono intraprese nel corso dei secoli, dai Persiani nel 480 a.C. e dai Romani nell'89 a.C., agli Slavi nel 580 d.C., prima di essere gradualmente abbandonata. Il sito tornò ad essere attivo e residenziale dal periodo bizantino fino a circa gli anni Trenta del XIX secolo, prima che potessero essere condotti scavi archeologici. Gli scavi archeologici più importanti sono stati avviati a metà del XIX secolo e sono tuttora in corso. A metà degli anni '70 sono stati effettuati importanti lavori di restauro presso l'Efestione o Tempio di Efesto.
