Tutti i passeggeri che salgono a bordo di un volo Condor possono portare un bagaglio a mano di dimensioni massime 55x40x20 cm e il peso consentito varia in funzione del biglietto prenotato (6 kg per la classe Economy e 12 kg per la classe Business.). È inoltre possibile portare un altro accessorio gratuitamente (come ad esempio la borsa o un computer portatile). I bagagli in stiva non sono fatturati come supplemento ma il limite del peso imposto da Condor varia in funzione della destinazione e del biglietto (da un bagaglio di 20 kg a due bagagli da 32 kg ciascuno). Per i bagagli che hanno una eccedenza nel peso o nelle dimensioni bisognerà pagare tra 10€ e 20€ per ogni kg in eccesso e tra 100€ e 200€ per i bagagli supplementari non dichiarati al momento dell'acquisto del biglietto.
La compagnia aerea Condor propone un servizio di check-in il giorno prima della partenza, quindi il giorno dopo sarà sufficiente presentarsi in aeroporto e andare direttamente ai controlli di sicurezza alle porte del gate. Altrimenti, bisognerà presentarsi al massimo 1 ora prima della partenza del volo al desk della compagnia. Per facilitare e accelerare le procedure per la partenza, la compagnia mette a disposizione dei viaggitori dei terminal automatici di registrazione, che sono però disponibili solo in alcuni aeroporti.