A bordo di un volo Air Berlin, i passeggeri possono viaggiare con uno o due bagagli a mano (in funzione della tariffa del biglietto): un bagaglio a mano non può pesare più di 8 kg e superare le dimensioni di 55x40x20 cm. I viaggiatori possono portare anche una borsa più piccola, uno zaino o un computer portatile. A seconda del biglietto, si ha diritto a uno o a nessun bagaglio in stiva e ogni bagaglio in più su quelli previsti verrà tassato per 70€ (per un volo con tratta di media percorrenza) e 150 euro per un volo a lunga distanza. Per i bagagli che pesano più di 23 kg, bisognerà pagare da 50€ a 135€ per bagaglio.
Per le tratte da e verso gli Stati Uniti è possibile fare il check-in online da 24h a 3h prima della partenza. Negli altri casi è necessario presentarsi in aeroporto al desk di Air Berlin.