La cappella reale della cattedrale riassume tutta la grandezza di questa costruzione rinascimentale. Ha una cupola con vetrate artistiche di grande bellezza e sculture e dipinti di Alonso Cano.
Le porte più emblematiche sono quelle dell'Ecce Homo, di San Girolamo e del Perdono. Quest'ultima possiede eccellenti raffigurazioni della fede e della giustizia. Le cappelle adiacenti conservano anch'esse pale d'altare e dipinti eccezionali. L'ex sala capitolare funge attualmente da luogo espositivo per il tesoro della cattedrale, in mostra anche nella sagrestia e nel Museo della Cattedrale. Tra i pezzi presenti c'è la scultura dell'Immacolata Concezione di Alonso Cano.