Fu sotto la spinta dei Greci e dei Romani che il susino, originario della Cina, si diffuse sull'interno litorale mediterraneo durante l'Antichità. Nello stesso periodo fu scoperto il metodo di essiccazione del frutto.
In Gallia, il susino si diffuse attraverso la provincia della Narbonese; tuttavia, occorre aspettare il XIII secolo, con il ritorno dalla terza crociata, affinché i monaci dell'abbazia benedettina di Clairac (vicino ad Agen) incrocino dei susini locali con quelli di Damasco (Siria) per dare vita a una nuova varietà: il susino d'Ente (dal francese antico "enter", che significa innestare).
Fu tramite l'essiccazione di questa nuova specie che nacque la prugna secca di Agen.
Ma l'inizio del XVIII secolo fu segnato da un inverno terribile, quello del 1709, che distrusse la totalità dei susini di Quercy e costrinse a un trasferimento della produzione sulle colline della zona del Lot-et-Garonne e delle provincie limitrofe.
Fortunatamente, le condizioni climatiche, insieme alle terre argilloso-calcaree della Dordogna, della Gascogna, dell'antica provincia di Quercy e delle valli dei fiumi Lot e Garonna, fecero di quest'area una terra ottimale per la prugna d'Ente.
Le prugne secche di Agen conobbero un vero successo nel XIX secolo, in particolare presso i marinai di lungo corso in quanto energetiche, ricchi di fibre e vitamine e facili da immagazzinare e conservare. Fu peraltro nella stessa epoca che fu inventata la ricetta del dolce alle prugne chiamato "far aux pruneaux".
Con il suo porto sulla Garonna, era da Agen che salpavano le gabarre cariche di prugne secche destinate ad alimentare i porti del litorale atlantico dell'Europa e fu così che presto si iniziarono ad associare le prugne secche al nome della città. La denominazione "Pruneaux d'Agen" (Prugne secche di Agen) è rimasta dall'epoca, ma è soltanto nel 2002 che ha ottenuto il riconoscimento ufficiale dell'Unione Europea, con l'attribuzione di un'IGP (Indicazione Geografica Protetta).