A differenza di molti altri santuari, quello di Kôm Ombo è isolato rispetto alla città omonima; questo permette alla bellezza del luogo di non essere oscurata dalle costruzioni recenti. Antica città greca, Kôm Ombo prosperò fino all'epoca tolemaica, dove divenne la capitale di una provincia a se stante nel II secolo a.C., periodo in cui fu costruito il grande tempio. Quest'ultimo non è dedicato soltanto a una divinità, ma a due dèi e alle loro triadi: Horus il Vecchio, la sua sposa Tasentnefert e suo figlio Panebtaouy, e a Sobek, il dio coccodrillo (Hathor) e suo figlio Khonsu.